Endoskopi innebär att en undersökning och ibland en behandling kan utföras med hjälp av fiberoptik utan att göra kirurgiska ingrepp på djuret.
På detta sätt kan mag-och tarmkanal undersökas och är ett mycket bra hjälpmedel vid utredningar av mag- och tarmlidanden där små vävnadsprov, så kallade biopsier tas via endoskopet.
I vissa fall kan främmande föremål som djuret ätit tas upp ur magsäcken utan att kirurgi krävs. På samma sätt kan mun- och näshåla, luftstrupe och luftrör undersökas och provtas.